台湾媒体报道，民进党政府清查公务体系人员持有中国大陆身份证、护照、定居证与居住证等的范围，已扩大至公设财团法人与公营事业，约聘雇人员也不例外，引发部分不具公务员身份的人员质疑政府扰民。
《联合报》星期一（3月10日）凌晨报道，陆委会早前行文主管机关、人事总处、铨叙部、法务部等单位转军公教机构、国营事业人员签具结书，单位中的聘雇人员也需具结；财团法人则是政府捐助的财团法人，也就是俗称的公设财团法人，也须具结，法源依据是两岸人民关系条例。
《联合报》称该具结书要求公务体系人员须具结确无两岸条例第九条之一所定情事，未在大陆设有户籍、领用大陆护照、身份证、定居证或居住证，如有不实愿负法律责任；同时要求附上身份证字号、服务机关、现职、官阶级别等。
某行政部门辖下财团的不具名法人职员证实此事，并批评政府作法不妥，尤其许多同仁并非公务员，却要被监督、被怀疑。该法人职员说，不签的后果难以预料，让许多人无所适从。
对此，陆委会透过书面回应《联合报》称，公设财团法人或公营事业是由政府公款出资设立，绝大多数由政府指派官员或代表人担任负责人，受主管机关指挥监督并执行特定政策任务，其所聘用人员必须符合法律和用人标准。
陆委会表示，政府信赖绝大多数同仁都会遵守台湾法律，也充分相信全体军公教人员、公营事业及公设财团法人员工的具结结果。
陆委会还说，此项宣导及清查工作推动迄今，获得绝大多数现职人员的配合，进展非常顺利。
此前，陆委会主委邱垂正2月18日说，由于台湾人在大陆申领居住证的案例愈来愈多，为了提醒民众权益，陆委会将重启两岸人民关系条例的修法工作，会努力在立法院新会期推出。
据ETtoday新闻云等报道，目前两岸人民关系条例仅针对台人在大陆设籍、领有大陆身份证或护照，列有注销台湾户籍的规定。由于申领大陆居住证不须在大陆设有户籍，并不违反两岸条例规范。
民进党政府2018年曾提出两岸条例修正草案，增订领有大陆居住证的申报登记机制，对未依期限申报者处以罚款，并对机密敏感人员领有大陆居住证进行管制，但未在行政院院会通过。
台湾赖清德2月14日召开国安高层会议宣布，为防制大陆统战、渗透及认知作战危害台湾安全，将持续推动国安法制改革。邱垂正2月18日接受广播节目《POP撞新闻》主持人黄暐瀚的专访后接受台湾媒体群访时透露，将再度推动把台人领用大陆居住证纳入管理。
另一方面，多名台湾艺人近日转发宣示“台湾唯一称谓就是中国台湾省”的帖文，陆委会星期六（8日）发出声明，对“唱和中共消灭中华民国主权的少数台湾艺人，给予最严厉的谴责”。
陆委会表明，将检视这些艺人的行为是否涉及与中共党政军合作而违反两岸人民关系条例。
